Nach 1700 erholt sich die Pfalz allmählich von den Kriegen des letzten Jahrhunderts. Die Universität Heidelberg hingegen stagniert in wissenschaftlicher Bedeutungslosigkeit. So beklagt sich 1789 der Rektor Franz Anton Mai:

„Die Hohe Schule zu Heidelberg hat die Gebrechen des Alters: Stumpfheit und Untätigkeit.“

Schuld daran sind vielleicht auch Männer wie Daniel Wilhelm Nebel. Er beansprucht eine Professorenstelle, wie seine 

„Voreltern, die stets die Genade hatten, dem Durchlauchtigsten Churhaus Pfaltz zu dienen, und waren alle Professores auf der hiesigen Universitet.“

Aus der Idee des Gewohnheitsrechtes heraus sind solche „Erbprofessuren“ im achtzehnten Jahrhundert verbreitet, aber sie dienen natürlich nicht immer der wissenschaftlichen Qualität.

Schließlich gehen der Universität auch noch die finanziellen Grundlagen verloren. Durch die Neuregelung der Besitzverhältnisse unter Napoleon verliert die Universität die Güter und Einkünfte, die ihr teilweise seit ihrer Gründung gehörten. 1802 ist die Universität bankrott.